Diretor do Museu Paulista entre 1917 e 1945, Afonso Taunay considerava Hercule Florence o "Patriarca da Iconografia Paulista” e reconhecia seus desenhos como documentos da natureza e do cotidiano do século XIX brasileiro. Nos anos 1920, encomendou a diversos artistas uma série de pinturas para o museu, e de azulejos para o Museu Republicano Convenção de Itu, utilizando como matrizes os desenhos e as aquarelas de Florence. Fruto do convênio entre o IHF e o Museu Paulista da Universidade de São Paulo (MP/USP), nos anos de 2019 e 2020, uma equipe de trabalho foi constituída para pesquisar essas encomendas, resultando no Seminário Internacional “Museu Paulista e as memórias das narrativas de Aimé-Adrien Taunay e Hercule Florence”, no E-book com o mesmo título, no webinário “Hercule Florence, a produção de imagens e as exposições do Museu do Ipiranga e do Museu Republicano”, na exposição virtual “Cinco pintores visitam Hercule Florence”, além de verbetes digitais de artistas.
Resultado de parceria entre o Museu Paulista da Universidade de São Paulo (MP/USP) e o IHF, esse projeto buscou deter a degradação física do documento original, além de assegurar sua preservação para as gerações futuras. O texto foi transcrito e traduzido para tornar seu conteúdo acessível. Com a atual tecnologia, abriu-se uma nova perspectiva de pesquisa: técnicas de digitalização com infravermelho possibilitaram a leitura da escrita a lápis que se encontrava oculta sob a tinta ferrogálica, revelando uma nova camada de registros. O documento e outras informações sobre o projeto encontram-se disponíveis no site O caderno de Aimé-Adrien Taunay: histórias, descobertas e percursos.
Realizado em parceria com o Atlas dos Viajantes da Biblioteca Brasiliana Guita e José Mindlin (BBM), consiste em um mapa interativo na plataforma Google Earth que assinala os locais percorridos e mencionados por Hercule Florence na seção Voyage Fluvial du Tiété à l’Amazonie do conjunto documental L’Ami des Arts Livré à Lui-Même. Cada lugar sinalizado no mapa foi averiguado com base em documentos complementares, como outros relatos de viajantes, mapas, bases de dados cartográficas, relatórios institucionais e depoimentos de habitantes das regiões. Após a pesquisa os locais foram georreferenciados e estão disponíveis de forma interativa, em conjunto com trechos do relato de viagem e imagens produzidas por Hercule Florence. Com pesquisa de João Carlos Cândido Santos e Moema de Bacelar Alves.
O IHF foi convidado a fazer parte da plataforma Google Arts & Culture, ao lado de algumas das mais importantes instituições de arte do mundo, como o British Museum, de Londres, o Guggenheim, de Nova York e o Museu d'Orsay, de Paris. O IHF exibe parte do seu acervo na plataforma, além das exposições Cinco Pintores Visitam Hercule Florence e O Olhar de Hercule Florence Sobre os Índios Brasileiros.
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Primeira iniciativa editorial do IHF, é também a primeira edição integral deste manuscrito, redigido por Florence entre 1837 e 1859 como compêndio ilustrado de sua vida e obra. Contém, além de sua autobiografia, a descrição de suas invenções e a versão final do relato da viagem fluvial empreendida pela Expedição Langsdorff (1825-1828). A obra física, apresentada em uma caixa revestida em seda, foi impressa em dois volumes, fac-símile e transcrição, é composta por 300 exemplares numerados e está disponível para compra. Tanto a transcrição, quanto o fac-símile também estão disponíveis para download gratuito.
Realizada de 6 de maio a 30 de junho de 2015 na Biblioteca Brasiliana Guita e José Mindlin (BBM), a exposição reuniu desenhos e aquarelas de Hercule Florence, trechos do diário em que narra suas experiências da viagem fluvial, além de fotografias e obras de outros viajantes, peças etnográficas dos grupos indígenas retratados por ele e informações sobre a atual situação dessas etnias. Em 2016, a mostra ganhou itinerância, percorrendo centros culturais no interior paulista – Porto Feliz, Tupã, Campinas e Ribeirão Preto. Ganhou também uma montagem no IV Fórum Brasileiro de Filantropos e Investidores Sociais (São Paulo). O projeto do IHF realizado por meio do ProAC, contou com curadoria, pesquisa e textos de Glória Kok e Francis Melvin Lee.