O IHF conserva um acervo bibliográfico, iconográfico e documental raro sobre o século XIX brasileiro, constituído a partir da incorporação das Coleções Arnaldo Machado Florence, Dr. Érico João Siriuba Stickel, Dra. Rosemarie Erika Horch, Profa. Dra. Ana Maria Camargo, Rubens Borba de Moraes e membros da Família Florence.
Com o compromisso de disponibilizar seu acervo de forma gradual na internet, o instituto estabeleceu, em 2011, uma parceria com a Biblioteca Brasiliana Guita e José Mindlin – USP e o Laboratório de Engenharia de Conhecimento da Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (KNOMA) para o desenvolvimento de uma biblioteca virtual que atendesse às necessidades específicas do projeto.
Em 2019 todo o conteúdo foi transferido para a plataforma DSpace, disponibilizando não somente itens do próprio acervo do IHF, mas também documentos cedidos por instituições nacionais e estrangeiras parceiras. Entre elas estão o Museu Paulista da Universidade de São Paulo, Bibliothèque Nationale de France (BNF), Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro (IHGB), Arquivo Nacional, Fundação Biblioteca Nacional e Centro de Memória da UNICAMP.
Ao final de 2020, por meio de projeto realizado pela Mercúrio Digitalizações com o apoio do Edital ProAC nº 25/2019 - Implantação de Bibliotecas Digitais, da Secretaria da Cultura e do Governo do Estado de São Paulo, o repositório digital do IHF recebeu recursos para pessoas com deficiência visual e mais 500 novos itens – entre eles, diversos manuscritos de Hercule Florence.
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